Sekwencjonowanie DNA i dane pacjentów wykorzystane do powstrzymania epidemii infekcji

Przełom w szpitalu John Radcliffe jest znaczący, ponieważ jest to pierwszy wybuch epidemii Białe uszy (C. aury) została całkowicie zakończona z jasnym zrozumieniem przyczyny.

Badania, opublikowane w New England Journal of Medicine, została przeprowadzona przez Infekcję, Oddział Prewencji i Kontroli oraz Neuronauki Oddział Intensywnej Terapii (OIOM) zespoły z OUH, Wydział Medycyny Nuffield Uniwersytetu Oksfordzkiego, Big Data Institute oraz NIHR Health Protection Research Unit i Public Health England, i wspierane przez NIHR Oxford Biomedical Research Center.

Główny badacz, Dr David Eyre, Research Fellow w chorobach zakaźnych w Instytucie Big Data, powiedział: „To bardzo miłe, że nasze badania doprowadziły do… C. aury epidemia została zatrzymana. Istnieje wiele szpitali w Wielkiej Brytanii i na całym świecie, które nie były w stanie powstrzymać epidemii. Ustalenie, w jaki sposób jest przenoszony, powinno pomóc w powstrzymaniu jego rozprzestrzeniania się na całym świecie.

„Taka jest natura tego patogenu, że musimy zachować czujność”, i cieszymy się, że, ponieważ zmieniliśmy nasze podejście w wyniku naszych ustaleń, nie mieliśmy dalszych spraw.’

C. aury jest wschodzącym, oporny na wiele leków patogen grzybowy ostatnio powiązany z epidemiami na całym świecie, często na oddziałach intensywnej terapii. U niektórych pacjentów, C. aury może dostać się do krwiobiegu i rozprzestrzenić się po całym ciele, powodując poważną infekcję.

Naukowcy zbadali dużą C. aury epidemia na Oddziale Neuronauki Szpitala Johna Radcliffe'a między 2015 oraz 2017, podczas którego 70 pacjenci zostali zidentyfikowani jako skolonizowani lub zakażeni C. aury.

Wykorzystanie sekwencjonowania całego genomu izolatów pacjenta i środowiska, w połączeniu z danymi elektronicznej karty zdrowia, zbadali możliwe drogi transmisji, czynniki ryzyka kolonizacji i epidemiologii molekularnej epidemii.

Pacjenci w Neurosciences OIOM byli regularnie badani pod kątem C. aury, podobnie jak te na sąsiednim oddziale Neuronauki. Próbki pobrano również ze środowiska, skupiając się na próbkowaniu obszarów wymagających dużego kontaktu i urządzeń wielofunkcyjnych.

'Znaleźliśmy to C. aury był rzadko wykrywany w ogólnym środowisku; nie było śladu organizmu na powierzchniach w jednostce i tylko 1 poza 16 próbki powietrza były pozytywne,’ Dr Eyre wyjaśnił.

'Jednakże, znaleźliśmy C. aury na wielorazowym sprzęcie pacjenta, szczególnie sondy temperatury. Były bliskie dopasowania genetyczne między C. aury izolowane od pacjentów i od tych termometrów. Odkryliśmy, że monitorowanie ich temperatury za pomocą jednej z tych sond było ważnym czynnikiem ryzyka uzyskania C. aury. I w przeciwieństwie do patogenów takich jak C. trudność, bliskość łóżka nie wydawała się być czynnikiem transmisji.

„Więc nasze badania wyraźnie wykazały, że przetrwanie w środowisku wydaje się być kluczem do Candida auris utrzymywanie się i przenoszenie w placówkach opieki zdrowotnej. Doprowadziło to do wdrożenia skutecznych środków kontroli infekcji w celu powstrzymania epidemii – w tym wycofania z użytku termometrów do powierzchni skóry wielokrotnego użytku,’ powiedział.

Profesor Derrick Crook, Dyrektor National Infection Service w Public Health England i kierownik tematu oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe w NIHR Oxford Biomedical Research Center, powiedział: „Badanie to zostanie uwzględnione bezpośrednio w wytycznych opieki zdrowotnej dotyczących korzystania ze sprzętu wielokrotnego użytku”, a w szczególności odkażanie tego sprzętu w przypadku przyszłych epidemii.

„Chociaż stosunkowo niewielka liczba pacjentów w badaniu w Oxfordzie miała znaczenie kliniczne” C. aury tygodnie po wystąpieniu objawów z powodu niewydolności wielonarządowej, takie infekcje mogą mieć poważne konsekwencje dla wrażliwych pacjentów przyjmowanych na oddziały intensywnej terapii, szczególnie jak C. aury jest wysoce odporny na wiele środków przeciwgrzybiczych. Działania podjęte w wyniku tych badań niewątpliwie zapobiegły skolonizowaniu i zakażeniu większej liczby pacjentów.’

Źródło:

http://www.ox.ac.uk/news