Opracowanie sekwencji 2D nukleotydów tworzących kod genetyczny w naszym DNA ma kluczowe znaczenie dla zrozumienia działania genów, ale zrozumienie fizycznych interakcji pomiędzy fałdami DNA wymaga skoku w nowy wymiar.

To tam gdzie Stephena Taylora oraz Jima Hughesa, Skorzystaj z poniższych instrukcji, jeśli używasz MacOS X Centrum Biologii Obliczeniowej w MRC WIMM, Wejdź. Łączą swoją wiedzę z zakresu biologii obliczeniowej i regulacji genów z ekspertami w dziedzinie grafiki komputerowej czasu rzeczywistego i interakcji człowiek-maszyna w Goldsmiths, Uniwersytet Londyński, do produkcji CSynth. CSynth to interaktywne narzędzie, które pozwala naukowcom wizualizować cały chromosom DNA w 3D i śledzić punkty interakcji fizycznych.

W przeciwieństwie do porównywalnych narzędzi, CSynth łączy interaktywne modelowanie z możliwością połączenia tego, co widzą w swoim modelu 3D, z informacjami o sekwencji DNA swobodnie dostępnymi w Internecie. Użytkownicy mogą dynamicznie zmieniać parametry i porównywać modele, aby zobaczyć, jak może to wpłynąć na geny i inne elementy DNA, takie jak przełączniki włączające i wyłączające geny. Dodatkową cechą CSynth jest to, że łączy on najnowocześniejszy model obliczeniowy z rzeczywistością wirtualną. Oznacza to, że badacze mogą wirtualnie wkroczyć w strukturę DNA oraz badać cząsteczki DNA i manipulować nimi w nowy sposób.

Narzędzie naukowe

Potencjał prawdziwej wizualizacji DNA sprawia również, że CSynth jest doskonałym narzędziem do nauki i angażowania społeczeństwa, zwłaszcza w połączeniu z wirtualną rzeczywistością. Tysiące ludzi doświadczyło CSynth na letniej wystawie Royal Society, Festiwal Nauki w Cheltenham oraz wiele szkół i instytutów.

Zespół z Oksfordu współpracował już z innymi badaczami z MRC WIMM, aby zbadać, w jaki sposób DNA kodujący część kompleksu hemoglobiny (cząsteczka transportująca tlen w czerwonych krwinkach) składa się w 3D, i jak zmienia się fałdowanie w różnych typach komórek.

Nowością jest to, że oprogramowanie jest dostępne bezpłatnie dla każdego, kto ma dostęp do przeglądarki internetowej. Każdy naukowiec może teraz przesyłać własne dane do modelowania i eksploracji w http://csynth.org/. Nie wymaga instalacji oprogramowania i działa niezwykle szybko. Naukowcy mają nadzieję, że ten publiczny interfejs sieciowy sprawi, że CSynth będzie przydatny także w edukacji i uczeniu się, oraz że badacze mogą udostępniać swoje modele w Internecie.

Ale być może najważniejsze, CSynth pomoże naukowcom z Oksfordu i nie tylko zidentyfikować potencjalne struktury i elementy genetyczne powiązane z chorobami oraz zrozumieć wpływ struktury DNA na funkcję.

Źródło: http://„Niewydolność serca to okrutna i wyniszczająca choroba, z którą żyje ponad pół miliona ludzi w Wielkiej Brytanii