技术允许科学家们探索的三维DNA结构
在分子医学的MRC Weatherall研究所的研究人员 (MRC WIMM) 已开发的技术,使科学家探索虚拟现实的复杂的3D DNA结构. 在最新发布的预打印, 团队介绍了他们的工具, 这是现在免费提供给所有.
工作了,构成了遗传密码的顺序是现在医学研究常规, 但该序列不是故事的全部; 基因通过DNA的特定部分之间的物理相互作用也接通和关断.
考虑染色体 1, 只是一 23 成对染色体,我们有: 的错综复杂的折叠链 250,000,000 含核苷酸 4,220 基因,其物理上彼此在三个维度相互作用.
这些相互作用的分子折纸需要非常精确, 和错误可以从字面上是生与死的区别. 在DNA的折叠的变化被认为是与一系列疾病有关, 包括癌症.
所有 22,000 基因正实施都包含在 2 DNA的米, 其类似地打包成复杂的褶皱和旋涡中的每一个的核 37 所述主体的万亿个细胞.
工作了核苷酸序列的2D组成我们的DNA遗传密码是至关重要的了解基因如何工作, 但了解DNA的褶皱之间的物理相互作用需要一个飞跃到一个新的维.
这就是 斯蒂芬·泰勒 和 吉姆·休斯, 来自 中心计算生物学 在MRC WIMM, 在. 他们把自己的专业知识,计算生物学和基因调控连同实时计算机图形和金史密斯人机交互专家, 伦敦大学, 生产CSynth. CSynth是一个互动的工具,允许科学家使DNA可视化的整条染色体在3D和跟踪物理交互点.
与可比的工具, CSynth结合互动建模与toconnect他们在自己的3D模型查看与在线免费提供的DNA序列信息的能力. 用户可以动态地改变参数和模型进行比较,看看这会如何影响基因和其他元素的DNA, 诸如打开和关闭基因开关. CSynth的另外一个特点是,它结合了虚拟现实的国家的最先进的计算模型. 这意味着,研究人员可以几乎步骤DNA结构并探究和操纵的DNA分子以新的方式.
学习工具
要真正使DNA可视化的潜力也使得CSynth一个很好的学习和公众参与工具, 尤其是当与虚拟现实相结合. 成千上万的人都经历过CSynth皇家学会夏季展, 切尔滕纳姆科学节,许多学校和研究机构.
牛津队已经与在MRC WIMM其他研究人员合作,研究如何将DNA,对于血红蛋白复合物的一部分代码 (在红血细胞运送氧气的分子) 褶皱3D, 以及如何在不同细胞类型的折叠的变化.
不同的地方是,该软件是免费提供给任何人谁有权访问网络浏览器. 任何科学家现在可以上传自己的数据模型,并为H探索TTP://csynth.org/. 它不需要安装软件,是非常快速的运行. 研究人员希望这种公共的Web界面,使CSynth用于教育和学习太有用, 并且,研究人员可以在网上分享他们的模型.
但也许是最重要的, CSynth将帮助科学家在牛津大学和超越识别与疾病相关的潜在结构和遗传元件,并了解DNA结构对功能的影响.
资源: HTTP://www.ox.ac.uk
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