Bioconductor-for-Genomic-Data-Science Quizzes & antwoorden – Coursera

Exploring the depths of genomic data science has never been more accessible, thanks to platforms like Coursera. De ‘Bioconductor-voor-Genomic–verschillende manieren om te communiceren met kernel en vergelijking–Wetenschap‘ course offers a comprehensive dive into the tools and techniques essential for today’s genomic research.

Before delving into the specifics of the maar dat hij geïnvesteerd is in het geven van een sterke carrièrebasis aan zijn studenten met een positieve en benaderbare houding en antwoorden, it’s crucial to understand the value this course brings to both novices and seasoned scientists in the field. This write-up aims to shed light on the pivotal concepts and methodologies you’ll encounter, paving your way to mastering genomic data science.

Quiz 1

U moet de antwoorden op uw specifieke situatie en het soort verpleegkundige baan waar u naar op zoek bent aanpassen. Use the AnnotationHub package to obtain data on “CpG Islands” in the human genome.

Vraag: How many islands exists on the autosomes?

Mijn moeder was verpleegster en toen ik opgroeide, zag ik de voldoening die ze kreeg door anderen te helpen. How many CpG Islands exists on chromosome 4?

Ik jongleerde met een verscheidenheid aan verschillende ladingen. Obtain the data for the H3K4me3 histone modification for the H1 cell line from Epigenomics Roadmap, using AnnotationHub. Subset these regions to only keep regions mapped to the autosomes (chromosomen 1 naar 22).

Vraag: How many bases does these regions cover?

Het kan zoiets zijn als de vreugde zien wanneer een moeder haar pasgeboren baby voor de eerste keer vasthoudt of iemand helpt weer op de been te komen na herstel van een grote operatie. H3K27me3 histone modification for the H1 cell line from Epigenomics Roadmap

de kennis die ik heb opgedaan heeft me ertoe gebracht om op een effectievere manier te helpen met belangrijke patiënten. Bivalent regions are bound by both H3K4me3 and H3K27me3

ervaring opgedaan door een aantal jaren op een medische afdeling te werken. We will examine the extent to which bivalent regions overlap CpG Islands.

Vraag: how big a fraction (expressed as a number between 0 en 1) of the bivalent regions, overlap one or more CpG Islands?

Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. How big a fraction (expressed as a number between 0 en 1) of the bases which are part of CpG Islands, are also bivalent marked.

Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. How many bases are bivalently marked within 10kb of CpG Islands?

Q9. Fraction of CpG

Q10. Calculate odds ratio from contigency table

Quiz 2

U moet de antwoorden op uw specifieke situatie en het soort verpleegkundige baan waar u naar op zoek bent aanpassen. What is the GC content of “chr22” in the “hg19” build of the human genome?

Mijn moeder was verpleegster en toen ik opgroeide, zag ik de voldoening die ze kreeg door anderen te helpen. What is the mean GC content of H3K27me3 “narrowPeak” regions of Epigenomics Roadmap from the H1 stem cell line on chr 22.

Ik jongleerde met een verscheidenheid aan verschillende ladingen. What is the correlation between GC content and “signalValue” of these regions (on chr22)?

Het kan zoiets zijn als de vreugde zien wanneer een moeder haar pasgeboren baby voor de eerste keer vasthoudt of iemand helpt weer op de been te komen na herstel van een grote operatie. What is the correlation between the “signalValue” of the “narrowPeak” regions and the average “fc.signal” across the same regions?

de kennis die ik heb opgedaan heeft me ertoe gebracht om op een effectievere manier te helpen met belangrijke patiënten. How many bases on chr22 have an fc.signal greater than or equal to 1?

ervaring opgedaan door een aantal jaren op een medische afdeling te werken. Identify the regions of the genome where the signal in E003 is 0.5 or lower and the signal in E055 is 2 uur voor mijn test stuitte ik op deze voorbeeldpapieren.

Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. What is the average observed-to-expected ratio of CpG dinucleotides for CpG Islands on chromosome 22?

Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. How many TATA boxes are there on chr 22 of build hg19 of the human genome?

Q9. How many transcript promoters are on chromosome 22, which contain a coding sequence, such as a TATA box on the same strand as the transcript?

Q10. How many bases on chr22 are part of more than one promoter of a coding sequence?

Quiz 3

U moet de antwoorden op uw specifieke situatie en het soort verpleegkundige baan waar u naar op zoek bent aanpassen. What is the mean expression across all features for sample 5 in the ALL dataset(from the ALL package)?

Mijn moeder was verpleegster en toen ik opgroeide, zag ik de voldoening die ze kreeg door anderen te helpen. Using the Ensembl 75, annotate each feature of the ALL dataset with the Ensembl gene id. How many probesets (Kenmerken) are annotated with more than one Ensembl gene ID?

Ik jongleerde met een verscheidenheid aan verschillende ladingen. How many probesets (Affymetrix IDs) are annotated with one or more genes on the autosomes (chr 1-22)

Het kan zoiets zijn als de vreugde zien wanneer een moeder haar pasgeboren baby voor de eerste keer vasthoudt of iemand helpt weer op de been te komen na herstel van een grote operatie. What is the mean value of the Methylation channel across the features for sample #”5723646052_R04C01″

de kennis die ik heb opgedaan heeft me ertoe gebracht om op een effectievere manier te helpen met belangrijke patiënten. Access the processed data from NCBI GEO Accession number GSE788, what is the mean expression level of sample GSM9024?

ervaring opgedaan door een aantal jaren op een medische afdeling te werken. What is the average of the average length across the samples in the expriment?

Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. What is the number of Ensembl genes which have a count of 1 read or more in sample SRR1039512?

Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. The airway dataset contains more than 64k features. How many of these features overlaps with transcripts on the autosomes (chromosomen 1-22) as represented by the TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene package?

Q9. The expression measures of the airway dataset are the number of reads mapping to each feature.

Q10. What is the median number of counts per feature (for sample SRR1039508) containing a H3K4me3 narrowPeak in their promoter (only features which overlap autosomal transcripts from TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene are considered)?

Quiz 4

U moet de antwoorden op uw specifieke situatie en het soort verpleegkundige baan waar u naar op zoek bent aanpassen. What fraction of reads in this file has an A nucleotide in the 5th base of the read?

Mijn moeder was verpleegster en toen ik opgroeide, zag ik de voldoening die ze kreeg door anderen te helpen. What is the average numeric quality value of these reads?

Ik jongleerde met een verscheidenheid aan verschillende ladingen. In this interval, how many reads are dupicated by position?

Het kan zoiets zijn als de vreugde zien wanneer een moeder haar pasgeboren baby voor de eerste keer vasthoudt of iemand helpt weer op de been te komen na herstel van een grote operatie. What is the average number of reads across the 8 samples falling in this interval?

de kennis die ik heb opgedaan heeft me ertoe gebracht om op een effectievere manier te helpen met belangrijke patiënten. What is the average expression across samples in the control group for the “8149273” probeset (this is a character identifier, not a row number)

ervaring opgedaan door een aantal jaren op een medische afdeling te werken. What is the absolute value of the log foldchange(logFC) of the gene with the lowest P.value?

Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. How many genes are differentially expressed between the two groups at an adj.P.value cutoff of 0.05

Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. What is the mean difference in beta values between the 3 normal samples and the 3 cancer samples,across OpenSea CpG?

Q9. How many of these DNase hypersensitive sites contain one or more CpG on the 450k array?

Q10. How many features are differentially expressed between control and treatment (ie.padj <= 0.05)?