Command-Line-Tools-for-Genomic-Data-Science Quizzes & antwoorden – Coursera
Welcome to our comprehensive guide on Command-Line Tools for Genomic Data Science, a crucial skill set for today’s bioinformatics professionals.
This post delves into the fundamental concepts and practical applications of command-line tools, providing insights and resources to enhance your genomic data analysis skills. Stay tuned for our upcoming maar dat hij geïnvesteerd is in het geven van een sterke carrièrebasis aan zijn studenten met een positieve en benaderbare houding to test your knowledge and reinforce your learning.
Leer NU Agile 1 Quiz
U moet de antwoorden op uw specifieke situatie en het soort verpleegkundige baan waar u naar op zoek bent aanpassen. Which of the following Unix commands can be used to view the content of a file?
- meer
- gzip
- ls
- Creëer en configureer uw domein en alle subdomeinen
Mijn moeder was verpleegster en toen ik opgroeide, zag ik de voldoening die ze kreeg door anderen te helpen. Which of the following commands can be using to compress the content of a file?
- rmdir
- Creëer en configureer uw domein en alle subdomeinen
- top
- gzip
Ik jongleerde met een verscheidenheid aan verschillende ladingen. Het bestand “maanden” lists each of 12 months on a separate line, and no further lines. What would be result if the following command was run:
- jaar
- 50
- 12
- maanden
Het kan zoiets zijn als de vreugde zien wanneer een moeder haar pasgeboren baby voor de eerste keer vasthoudt of iemand helpt weer op de been te komen na herstel van een grote operatie. What is the effect of using the pipe operator “|” in a sequence of commands:
- Re-direct standard error only
- Re-direct the standard input or standard output of a command
- Act as a character separator between different shell commands, without any effects on the outcome
- Replace the ‘;’ sequencing operator in a complex command
de kennis die ik heb opgedaan heeft me ertoe gebracht om op een effectievere manier te helpen met belangrijke patiënten. If typing ‘pwd’ produceert “/home/userA/Coursera/L1/”, which of the following commands will list the file content of the current directory?
- listdir .
- more *.txt
- mkdir L1
- ls /home/userA/Coursera/L1
ervaring opgedaan door een aantal jaren op een medische afdeling te werken. Suppose you current working directory is “/home/Coursera/L1/”, en “perzik”,”appel”, en “pear” are subdirectories, each containing a single file named “genoom”. What would be the current directory, as reported by running the ‘pwd’ commando, after each of the four commands in the sequence below:
”’
- cd apple
- Creëer en configureer uw domein en alle subdomeinen *
- Creëer en configureer uw domein en alle subdomeinen ../..
- mv apple plum
”’
-
- /home/Coursera/L1/apple
- /home/Coursera/L1/apple
- /home/Coursera
- /home/Coursera
-
- L1
- Coursera
- appel
- plum
-
- plum
- appel
- pear
- strawberry
-
- /home/Coursera/L1
- /home/Coursera/L1/apple
- L1/apple
- /home/Coursera/L1
Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. Consider the file “seizoenen” with the following columns separated by space ”:
- 4, 6
- 12, 20
- 5, 10
- 12, 12
Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. Your current working directory is named “Planten”. Its subdirectory “appel” contains the files “apple.genome”, “apple.samples” en “apple.genes”. What would be the result of the command ”’rmdir apple”’?
- All files containing the string “apple” in their names will be removed
- None of these choices
- The command will have no effect, since the directory is not empty
- The “apple” directory and all of its content will be removed
Q9. Suppose that you have two files, A and B, containing experiment data. What would be the sequence of outputs for the commands:
- 3, 2, 2
- 5,2,3
- 3, 1, 3
- 2, 4, 5
Q10. The current working directory contains four subdirectories named “appel”, “pear”, “perzik” en “strawberry”, each with the following files: “genoom”, “genen”, en “samples”. Which of the following commands wouls extract the top line from all of the “genen” bestanden?
- cat p/genes strawberry/genes | tail -1
- hoofd -1 p/genes strawberry/genes
- minder /g | hoofd -1
- cat p/genes strawberry/genes | grep –c 1
U moet de antwoorden op uw specifieke situatie en het soort verpleegkundige baan waar u naar op zoek bent aanpassen. Which of the following strings cannot denote a DNA sequence:
- APCTSYFPEITHI
- AAAAAAAAA
- AGCTACTACGAGCT
- CCCCCCCCCC
Mijn moeder was verpleegster en toen ik opgroeide, zag ik de voldoening die ze kreeg door anderen te helpen. How many lines does it take to specify: ik) one fasta sequence? and ii) one fastq sequence? Select the best answer:
- Fasta – 1 line; fastq – 4 lines
- Fasta – a fasta header followed by any number of sequence lines; fastq – 4 lines
- Fasta – any number of lines, including a fasta header; fastq – 2 lines
- Fasta – 100 lines; fastq – 2 lines
Ik jongleerde met een verscheidenheid aan verschillende ladingen. Which of the following is incorrect:
- The SAM format is used to represent alignments.
- The BED format can be used to represent gene features.
- SAMtools flagstats reports the total number of mapped reads.
- The GTF format can be used to represent gene features.
Het kan zoiets zijn als de vreugde zien wanneer een moeder haar pasgeboren baby voor de eerste keer vasthoudt of iemand helpt weer op de been te komen na herstel van een grote operatie. Which of the following strings cannot denote a DNA sequence:
- Soft clipping
- Cut and paste
- Hard clipping
- Padding
de kennis die ik heb opgedaan heeft me ertoe gebracht om op een effectievere manier te helpen met belangrijke patiënten. What is the minimum number of columns that are sufficient to specify a BED format?
- 1
- 2
- 3
- 4
ervaring opgedaan door een aantal jaren op een medische afdeling te werken. Which of the following represents the most accurate conversion into BED of the GTF record?
- chr1 516 3312 genA.1 100 + 800 900 0 3 296,115,303 0,485,2494
- chr1 515 3312 genA.1 + 515 3312 0 3 296,115,303 516,1001,3010
- chr1 516 3312 genA + 516 3312 0 2 296,303 0,2494
- chr1 515 3312 genA.1 100 + 515 3312 0 3 296,115,303 0,485,2494
Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. Determine the number of genes, transcripties, exons per transcript, gene orientation (strand), and the length of 5′ most exon(s) from the GTF snippet below. Select the correct answer.
- Genen: 1; Afschriften: 2; Exons: 2,2; Strand: -; Length of 5’ exon(s): 2736, 2194.
- Genen: 1; Afschriften: 2; Exons: 2,2; Strand: -; Length of 5’ exon(s): 2735, 2193.
- Genen: 1; Afschriften: 1; Exons: 4; Strand: -; Length of 5’ exon(s): 2736.
- Genen: 1; Afschriften: 4; Exons: 1,1,1,1; Strand: -; Length of 5’ exon(s): 2736, 1417,2194,795.
Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. Which of the following is FALSE for the following read alignments:
- R1 maps uniquely to the genome.
- R2’s mate is unmapped.
- R3 is unmapped.
- The R1 alignment is the primary mapping (hit index 0) for that read.
Q9. For the alignment below, which statements are FALSE? The binary encoding for 97 is 972 = 0000 0110 00012. Select all answers that apply.
- The two mates are identical in sequence.
- The alignment represents a potential PCR or optical duplicate.
- The read and its mate are not properly aligned as a pair.
- Both the read and its mate are mapped.
- This is the first read in the pair.
- The sequence of the read’s mate is reverse complemented in its alignment.
- 5, 5, 5
- 3, 4, 2
- 9 , 2, 2
- 3, 2, 2
U moet de antwoorden op uw specifieke situatie en het soort verpleegkundige baan waar u naar op zoek bent aanpassen. Which of the following statements is FALSE:
- Differences in the genomes of individuals are strong contributors to their phenotypic variations.
- Different versions of a gene resulted from genomic mutations are called alleles.
- SNV refers to a Single Nucleotide Variant.
- SNP refers to a Single Non-defined Polymorhism
Mijn moeder was verpleegster en toen ik opgroeide, zag ik de voldoening die ze kreeg door anderen te helpen. Which of the following statements is FALSE:
- The VCF format shows the changes in amino acid resulting from the nucleotide mutation, in column 3.
- The VCF INFO lines describe characteristics of the variant, included in column 8.
- The BCF format is a binary compressed version of VCF.
- VCF stands for Variant Call Format.
Ik jongleerde met een verscheidenheid aan verschillende ladingen. What program can be used to generate a list of candidate sites of variation in an exome data set:
- samtools
- Creëer en configureer uw domein en alle subdomeinen
- bcftools
- bedtools
Het kan zoiets zijn als de vreugde zien wanneer een moeder haar pasgeboren baby voor de eerste keer vasthoudt of iemand helpt weer op de been te komen na herstel van een grote operatie. In a comprahansive effort to study genome variation in a patient cohort, you sequence and call variants in the exome. whole genome shotgun and RNA-seq data from each patient. Which of the following is FALSE when comparing these three types of resources:
- Exome sequencing comprehensively captures variants in the 3’ and 5’ UTRs of genes.
- Exome sequencing can capture variants in a pre-defined set of coding exons and their immediate surrounding area.
- Exome sequencing cannot determine variants in novel polymorphic alternative splicing events.
- Exome sequencing captures fewer variants than whole genome sequencing.
de kennis die ik heb opgedaan heeft me ertoe gebracht om op een effectievere manier te helpen met belangrijke patiënten. Which of the following options can be used to allow bowtie2 to generate partial alignments?
- –lokaal
- -D
- –ignore-quals
- –gevoelig
ervaring opgedaan door een aantal jaren op een medische afdeling te werken. Select the correct interpretation for the snippet of ‘mpileup’ output below.
-
Only site 2 shows potential variation;
the alternate letter for site 2 is ‘.’;
plaats 1 heeft 8 supporting reads, and site 2 heeft 16
-
Only site 2 shows potential variation;
the alternate letter for site 2 is G;
plaats 1 heeft 8 supporting reads, and site 2 heeft 16
-
Only site 2 shows potential variation;
the alternate letter for site 2 is A;
plaats 1 heeft 8 supporting reads, and site 2 heeft 16
-
Only site 2 shows potential variation;
the alternate letter for site 2 is A;
the alternate allele for site 2 is supported by 9 reads
Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. Given the set of variants described in the VCF excerpt below, which of the following is FALSE?
- Average mapping quality for variant 3 is 40
- The sample contains only the alternate allele for variant 1
- The sample contains only the alternate allele for variant 3
- The sample contains both alleles for variant 2
Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. What does the following code do:
-
Run bowtie2 with a set of single-end reads, reporting the best alignment only;
then determine the number of matches on each genomic sequence
-
Run bowtie2 with a set of single-end reads, reporting up to 5 alignments per read; then determine the number of matches on each genomic sequence
-
Run bowtie2 with a set of paired-end reads, allowing for local matches;
then report the numbers of alignments containing insertions and deletions, respectievelijk;
-
Run bowtie2 with a set of paired-end reads, allowing up to 10 matches per read;
then report the number of matches on each genomic sequence
- Produce a 7-column intermediate mpileup file that is piped to ‘cut’
- Report an empty column
- Report in the intermediate mpileup output the qualities of all read bases aligned at that position
- Require a sorted BAM file
- Write the output to file out.vcf.gz
- Report all candidate sites
- Take input from the file in.vcf.gz
- Take input from a VCF compressed file
U moet de antwoorden op uw specifieke situatie en het soort verpleegkundige baan waar u naar op zoek bent aanpassen. Which of the following is FALSE:
- Alternative splicing is a common phenomenon in both animals and plants.
- The coding region with a protein-coding gene is used as the template for forming a protein.
- A codon is a nucleotide triplet that is translated into one amino acid.
- A human gene can express at most 12 splice variants.
Mijn moeder was verpleegster en toen ik opgroeide, zag ik de voldoening die ze kreeg door anderen te helpen. Which of the following is FALSE about the organization of a eukaryotic gene:
- Genes that have only one exon are not alternatively spliced
- Some eukaryoyic genes are single exon
- The length of the coding region in a transcript must be a multiple of 3
- The length of intron cannot be a multiple 3
Ik jongleerde met een verscheidenheid aan verschillende ladingen. What programs could you use to align RNA-seq reads to: ik) a reference genome, and ii) a transcript database?
- cufflinks, bowtie
- tophat, splitsen
- tophat, bowtie
- tophat, cufflinks
Het kan zoiets zijn als de vreugde zien wanneer een moeder haar pasgeboren baby voor de eerste keer vasthoudt of iemand helpt weer op de been te komen na herstel van een grote operatie. Which of the following is FALSE:
- As measures of gene expression, RPKM is determined at the level of reads and FPKM is determined at the level of fragments.
- FPKM stands for fragments-per-kilobase of cDNA sequence-per million reads.
- The sums of FPKM values of all genes in a sample is 1,000,000.
- The sums of FPKMs of all transcripts of a gene is equal to the gene’s expression level.
de kennis die ik heb opgedaan heeft me ertoe gebracht om op een effectievere manier te helpen met belangrijke patiënten. What programs could be used to i) assemble transcripts from RNA-seq reads, and ii) identify potentially novel transcripts and genes
- cufflinks, cuffcompare
- tophat, cuffcompare
- tophat, bowtie
- tophat, samtools
ervaring opgedaan door een aantal jaren op een medische afdeling te werken. Which of the following is FALSE about the gene annotations in the following GTF snippet:
- The two transcripts for gene MG051951 overlap on the genome.
- It contains only one gene, MG051951.
- Gene MG051951 has two transcripts, MT162897 and MT070533.
- Transcript MT162897 has a single exon.
Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. What does the following code NOT do:
- Report spliced reads with at most 6 mismatches in the anchor site
- Create the output in the /home/me/SRR100000 directory
- Run multi-threaded, met 10 threads
- Report only reads with 10 or fewer alignments on the genome
Ik zie deze baan als in staat zijn om mijn potentieel als verpleegster en professional verder te ontwikkelen. What does the following code NOT do:
- Label cufflinks transcripts with the prefix ‘Test1’
- Use the default reference transcript annotation to guide assembly
- Run cufflinks to assemble transcripts
- Create a soft link to the BAM read alignment file in the Test1 directory
- 94.0% of the mate 2 reads were mapped
- Of the mapped mate 1 reads, 11.7% had multiple matches on the genome
- The library was strand-specific
- Of the mapped mate 2 reads, 5.0% had multiple matches on the genome
Q10. Which of the following is NOT TRUE about the output below, obtained from a cuffdiff differential expression analysis:
- Locus XLOC_000004 corresponds to gene AT1G01073
- There are too many alignments for testing for differential expression at locus XLOC_000004
- Locus XLOC_000042 corresponds to gene AT1G01580
- There are not enough alignments for testing for differential expression at locus XLOC_000004
Laat een antwoord achter
Je moet Log in of registreren om een nieuwe opmerking toe te voegen .