أدوات سطر الأوامر لاختبارات علوم البيانات الجينومية & الأجوبة – كورسيرا

• أكثر
• gzip
• ليرة سورية
• cp

• هو جمهورية مقدونيا
• قرص مضغوط
• أعلى
• gzip

• عام
• 50
• 12
• الشهور

• إعادة توجيه الخطأ القياسي فقط
• إعادة توجيه الإدخال القياسي أو الإخراج القياسي للأمر
• بمثابة فاصل أحرف بين أوامر shell المختلفة, دون أي تأثير على النتيجة
• استبدل ";عامل التسلسل في أمر معقد

• هي قائمة .
• المزيد *.txt
• مكدير L1
• ls /home/userA/Coursera/L1

”’

• مؤتمر نزع السلاح التفاح
• جمهورية مقدونيا *
• قرص مضغوط ../..
• ام في التفاح البرقوق

”’

• • /الصفحة الرئيسية/كورسيرا/L1/apple
  • /الصفحة الرئيسية/كورسيرا/L1/apple
  • /الصفحة الرئيسية/كورسيرا
  • /الصفحة الرئيسية/كورسيرا

• • L1
  • كورسيرا
  • تفاحة
  • وظيفة محترمة

• • وظيفة محترمة
  • تفاحة
  • كُمَّثرَى
  • الفراولة

• • /الصفحة الرئيسية/كورسيرا/L1
  • /الصفحة الرئيسية/كورسيرا/L1/apple
  • إل 1/تفاحة
  • /الصفحة الرئيسية/كورسيرا/L1

• 4, 6
• 12, 20
• 5, 10
• 12, 12

• ستتم إزالة جميع الملفات التي تحتوي على السلسلة "تفاحة" في أسمائها
• لا شيء من هذه الاختيارات
• لن يكون للأمر أي تأثير, لأن الدليل ليس فارغا
• ستتم إزالة دليل "apple" وجميع محتوياته

• 3, 2, 2
• 5,2,3
• 3, 1, 3
• 2, 4, 5

• قطة ص/جينات الفراولة/الجينات | ذيل -1
• رئيس -1 ص/جينات الفراولة/الجينات
• أقل /ز | رئيس -1
• قطة ص/جينات الفراولة/الجينات | جريب -ج 1

 

• أبكتسيفبيثي
• آآآآآآآآ
• أجكتاكتاكجاجكت
• ككككككككك

• صيام - 1 خط; فاستق – 4 خطوط
• Fasta – رأس fasta متبوعًا بأي عدد من خطوط التسلسل; فاستق – 4 خطوط
• فاستا – أي عدد من الخطوط, بما في ذلك رأس fasta; فاستق – 2 خطوط
• صيام - 100 خطوط; فاستق – 2 خطوط

• يتم استخدام تنسيق SAM لتمثيل المحاذاة.
• يمكن استخدام تنسيق BED لتمثيل ميزات الجينات.
• تقارير SAMtools flagstats العدد الإجمالي للقراءات المعينة.
• يمكن استخدام تنسيق GTF لتمثيل ميزات الجينات.

• قصاصات ناعمة
• قص و لصق
• لقطة صعبة
• حشوة

• 1
• 2
• 3
• 4

• مركز حقوق الإنسان1 516 3312 الجيل أ.1 100 + 800 900 0 3 296,115,303 0,485,2494
• مركز حقوق الإنسان1 515 3312 الجيل أ.1 + 515 3312 0 3 296,115,303 516,1001,3010
• مركز حقوق الإنسان1 516 3312 الجين أ + 516 3312 0 2 296,303 0,2494
• مركز حقوق الإنسان1 515 3312 الجيل أ.1 100 + 515 3312 0 3 296,115,303 0,485,2494

• الجينات: 1; النصوص: 2; إكسونات: 2,2; ساحل: -; طول 5' إكسون(الصورة): 2736, 2194.
• الجينات: 1; النصوص: 2; إكسونات: 2,2; ساحل: -; طول 5' إكسون(الصورة): 2735, 2193.
• الجينات: 1; النصوص: 1; إكسونات: 4; ساحل: -; طول 5' إكسون(الصورة): 2736.
• الجينات: 1; النصوص: 4; إكسونات: 1,1,1,1; ساحل: -; طول 5' إكسون(الصورة): 2736, 1417,2194,795.

• يرسم R1 خرائط فريدة للجينوم.
• رفيق R2 غير محدد على الخريطة.
• R3 غير معين.
• محاذاة R1 هي التعيين الأساسي (ضرب المؤشر 0) لذلك قراءة.

• الرفيقان متطابقان في التسلسل.
• تمثل المحاذاة نسخة PCR محتملة أو نسخة بصرية.
• لا تتم محاذاة القراءة ورفيقها بشكل صحيح كزوج.
• يتم تعيين كل من القراءة وزميله.
• هذه هي القراءة الأولى في الزوج.
• يتم عكس تسلسل رفيقة القراءة في محاذاته.

• 5, 5, 5
• 3, 4, 2
• 9 , 2, 2
• 3, 2, 2

 

• تعد الاختلافات في جينومات الأفراد مساهمًا قويًا في اختلافاتهم المظهرية.
• تسمى الإصدارات المختلفة من الجين الناتجة عن الطفرات الجينومية بالأليلات.
• يشير SNV إلى متغير نيوكليوتيد واحد.
• يشير SNP إلى تعدد الأشكال المفرد غير المحدد

• يُظهر تنسيق VCF التغيرات في الأحماض الأمينية الناتجة عن طفرة النوكليوتيدات, في العمود 3.
• تصف خطوط VCF INFO خصائص المتغير, المدرجة في العمود 8.
• تنسيق BCF هو إصدار ثنائي مضغوط من VCF.
• يرمز VCF إلى تنسيق الاتصال المتغير.

• com.samtools
• مكدير
• com.bcftools
• أدوات السرير

• يلتقط تسلسل Exome بشكل شامل المتغيرات في UTRs 3 و5 للجينات.
• يمكن لتسلسل Exome التقاط المتغيرات في مجموعة محددة مسبقًا من exons الترميز والمنطقة المحيطة بها مباشرة.
• لا يمكن لتسلسل Exome تحديد المتغيرات في أحداث الربط البديلة متعددة الأشكال الجديدة.
• يلتقط تسلسل إكسوم متغيرات أقل من تسلسل الجينوم الكامل.

• –محلي
• -د
• - تجاهل أي منها
• –حساس

• الموقع فقط 2 يظهر الاختلاف المحتمل;

  الحرف البديل للموقع 2 يكون '.';

  موقع 1 لديها 8 القراءات الداعمة, والموقع 2 لديها 16

• الموقع فقط 2 يظهر الاختلاف المحتمل;

  الحرف البديل للموقع 2 هو ز;

  موقع 1 لديها 8 القراءات الداعمة, والموقع 2 لديها 16

• الموقع فقط 2 يظهر الاختلاف المحتمل;

  الحرف البديل للموقع 2 هو;

  موقع 1 لديها 8 القراءات الداعمة, والموقع 2 لديها 16

• الموقع فقط 2 يظهر الاختلاف المحتمل;

  الحرف البديل للموقع 2 هو;

  الأليل البديل للموقع 2 مدعم من 9 يقرأ

• متوسط ​​جودة رسم الخرائط للمتغير 3 هو 40
• تحتوي العينة فقط على الأليل البديل للمتغير 1
• تحتوي العينة فقط على الأليل البديل للمتغير 3
• تحتوي العينة على كلا الأليلات للمتغير 2

• قم بتشغيل Bowtie2 مع مجموعة من القراءات ذات النهاية الواحدة, الإبلاغ عن أفضل محاذاة فقط;

  ثم حدد عدد التطابقات في كل تسلسل جينومي

• قم بتشغيل Bowtie2 مع مجموعة من القراءات ذات النهاية الواحدة, الإبلاغ حتى 5 المحاذاة لكل قراءة; ثم حدد عدد التطابقات في كل تسلسل جينومي

• قم بتشغيل Bowtie2 مع مجموعة من القراءات المزدوجة, السماح للمباريات المحلية;

  ثم قم بالإبلاغ عن أرقام المحاذاة التي تحتوي على عمليات الإدراج والحذف, على التوالي;

• قم بتشغيل Bowtie2 مع مجموعة من القراءات المزدوجة, السماح بما يصل إلى 10 مباريات لكل قراءة;

  ثم قم بالإبلاغ عن عدد التطابقات في كل تسلسل جينومي

• قم بإنشاء ملف mpileup متوسط ​​مكون من 7 أعمدة يتم توصيله عبر الأنابيب إلى "القطع"
• الإبلاغ عن عمود فارغ
• قم بالإبلاغ في إخراج mpileup الوسيط عن صفات جميع قواعد القراءة المحاذية في هذا الموضع
• تتطلب ملف BAM مرتبة

• اكتب الإخراج إلى ملف out.vcf.gz
• الإبلاغ عن جميع المواقع المرشحة
• خذ المدخلات من الملف in.vcf.gz
• أخذ المدخلات من ملف مضغوط VCF

• يعد الربط البديل ظاهرة شائعة في كل من الحيوانات والنباتات.
• يتم استخدام منطقة الترميز التي تحتوي على جين ترميز البروتين كقالب لتكوين البروتين.
• الكودون هو ثلاثي نيوكليوتيد يتم ترجمته إلى حمض أميني واحد.
• يمكن للجين البشري التعبير على الأكثر 12 المتغيرات لصق.

• الجينات التي تحتوي على إكسون واحد فقط لا يتم ربطها بالتبادل
• بعض الجينات حقيقية النواة هي إكسون واحد
• يجب أن يكون طول منطقة الترميز في النص مضاعفًا 3
• لا يمكن أن يكون طول الإنترون مضاعفًا 3

• أزرار الأكمام, ربطة القوس
• قبعة عالية, ينقسم
• قبعة عالية, ربطة القوس
• قبعة عالية, أزرار الأكمام

• كمقاييس للتعبير الجيني, يتم تحديد RPKM على مستوى القراءات ويتم تحديد FPKM على مستوى الأجزاء.
• يرمز FPKM إلى أجزاء لكل كيلو قاعدة من تسلسل cDNA لكل مليون قراءة.
• مجموع قيم FPKM لجميع الجينات في العينة هو 1,000,000.
• إن مجموع FPKMs لجميع نسخ الجين يساوي مستوى تعبير الجين.

• أزرار الأكمام, com.cuffcompare
• قبعة عالية, com.cuffcompare
• قبعة عالية, ربطة القوس
• قبعة عالية, com.samtools

• يتداخل النصان الخاصان بالجين MG051951 في الجينوم.
• أنه يحتوي على جين واحد فقط, MG051951.
• يحتوي الجين MG051951 على نصين, MT162897 وMT070533.
• يحتوي النص MT162897 على إكسون واحد.

• تقرير القراءات المقسمة على الأكثر 6 عدم التطابق في موقع الإرساء
• قم بإنشاء الإخراج في الدليل /home/me/SRR100000
• تشغيل متعدد الخيوط, مع 10 الخيوط
• تقرير يقرأ فقط مع 10 أو أقل محاذاة على الجينوم

• قم بتسمية نصوص أزرار الأكمام بالبادئة "Test1"
• استخدم التعليق التوضيحي للنص المرجعي الافتراضي لتوجيه التجميع
• قم بتشغيل أزرار الأكمام لتجميع النصوص
• قم بإنشاء ارتباط ضعيف لملف محاذاة قراءة BAM في دليل Test1

• 94.0% من زميله 2 تم تعيين القراءات
• من زميله المعين 1 يقرأ, 11.7% كان لديه تطابقات متعددة على الجينوم
• كانت المكتبة حبلا محددة
• من زميله المعين 2 يقرأ, 5.0% كان لديه تطابقات متعددة على الجينوم

• يتوافق Locus XLOC_000004 مع الجين AT1G01073
• يوجد عدد كبير جدًا من المحاذاة لاختبار التعبير التفاضلي في الموضع XLOC_000004
• يتوافق Locus XLOC_000042 مع الجين AT1G01580
• لا توجد محاذاة كافية لاختبار التعبير التفاضلي في الموضع XLOC_000004